cytoscape中文版 v3.7.2 最新版(附安裝和使用教程)

軟件介紹

cytoscape是一款專業的信息數據分析和編輯軟件，它的主要功能是幫助用戶分析各種數據，通過多種形式的網絡圖形為用戶顯示分析結果，讓用戶能夠更好地了解數據之間的關聯和變化趨勢。cytoscape通常被使用在生物信息分析等領域，有需要的用戶敬請下載。

特色功能

以多種標準格式加載分子和遺傳相互作用數據集

項目和集成全局數據集和功能注釋

在這些數據之間建立強大的可視化映射

使用細胞視圖應用程序執行高級分析和建模

可視化和分析人為策劃的路徑數據集，如維基路徑、反應堆和KEGG。

安裝教程

JAVA安裝：java8是否已安裝？

如果沒有安裝或環境變量的配置等，安裝Cytoscape時候點擊提示出：是否安裝java，點擊是即可。

其他默認安裝就可以，可以更改安裝目錄。(但不建議瞎改)

安裝好了之后需要設置環境變量。

在環境變量中，要修改兩個地方，一個是添加JAVA_HOME。選擇“新建”，變量名填上JAVA_HOME，變量值填上C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151，在java的安裝過程中，默認一直下一步安裝，所以裝在C盤，如果你在安裝過程中改了，那可能是D盤或者E盤，那么變量值要做相應的更改。

還要修改一個地方，就是Path，添加JAVA的變量值到Path中：選擇Path，然后點“編輯”，在最后面添加如下語句：%JAVA_HOME%\bin。

打開命令提示符cmd，輸入java -version，如果能正常顯示，那表明裝好了，你就可以裝Cytoscape了。

使用教程

1. 安裝并打開Cytoscape

2. 導入蛋白質互作網絡數據庫中參考物種的蛋白互作網絡

網絡文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安裝目錄下有Sample Data，是部分網絡文件的示例。

本地導入參考物種的蛋白互作網絡

Cytoscape默認將文件第一行作為列名。如果文件第一行是基因，在導入網絡時要在Advanced Options中取消用第一行作為列名。

然后選擇每一列數據的屬性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同時對應不同顏色和圖標標記。

導入后，右上部窗口內展示蛋白互作網絡圖，右下部為網絡圖的相關節點 (Node) 及邊 (Edge) 的數據信息。左側為導入的網絡目錄和網絡屬性 (Style) 設置菜單。

從公共數據庫中獲得參考物種的蛋白互作網絡

例如要導入某個物種的蛋白質互作網絡：選擇物種和想要查看的數據庫，搜索包含該物種蛋白互作網絡的數據庫，導入數據(時間稍長)。

3. 在Layout選項下可以選擇方便觀測的布局(默認導入的布局方式為Perfuse Force Directed Layout)。

4. 設置網絡節點和邊的風格 (Style)

在Style選項卡下Node設置中對點的形狀、顏色、大小等進行設置。例如：選擇Shape為圓形、Fill Color為灰色、節點的高度 (Meight) 和寬度 (Width) 為50.0。

在Style選項卡下Edge設置中對邊的形狀、顏色、大小等進行設置。例如，將連線的顏色設置為藍色，同時設置到Target方向的箭頭同樣為藍色。

5. 導入差異表達基因及其屬性列，映射到互作網絡中作為各節點的拓撲性質。

選取目標網絡、設置關鍵列 (Column1)、選擇需要的節點屬性列(可以選取多列，本例選取Column2，并重命名為Label，其中為up/down數據)。

6. 根據上下調基因 (up/down) 標示網絡，定義上調基因 (up) 為紅色，下調基因 (down) 為藍色。

7. 導出數據

導出圖像Export Network as Graphics。

導出數據 Export Table。

可導出數據面板中的網絡節點、邊和整體網絡的信息。

在彈出窗口編輯導出文件名。