Cytoscape免費下載 v3.9.0 中文特別版

軟件介紹

Cytoscape特別版是一款非常專業高效的生物信息分析軟件，這款軟件不僅可以支持TXT、SIF、GML等多種網絡描述格式，同時我們還可以通過Cytoscape中文版來整合模塊化網絡和繪制生物科學聯系網絡圖，從而幫助你完成信息數據的分析和編輯。

Cytoscape特別版還為我們的用戶提供了強大的編輯工具，并且這款軟件能夠支持添加相應的注釋信息。我們的用戶可以利用Cytoscape中文版自身以及第三方開發的大量功能插件來進行操作，從而讓你能夠針對網絡問題進行深入分析。

軟件特色

1、支持多種分析方式，可以選擇分析網絡。

2、支持分析節點的子集、批次分析、加載網絡統計信息。

3、繪制參數、從統計信息生成樣式。

4、使用可擴展對話框界面顯示網絡統計信息。

5、在節點表中存儲節點參數、在邊緣表中存儲邊緣參數。

6、明亮的顏色映射標準ameters、暗色映射標準ameters、中間顏色映射標準ameters。

7、NetworkAnalyzer、Cytoscape網絡瀏覽器。

8、合并流程、作業狀態監視器、命令行對話框、執行命令文件。

9、選定的節點、帶有選項的選定節點、命令行參數。

10、Cytoscape的快速游覽、創建網絡、嵌套網絡。

軟件功能

公共數據庫客戶端

Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數據庫，導入網絡和注釋數據。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數據庫，并導入網絡和注釋數據。目前，我們支持Pathway Commons， IntAct， BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續為熱門數據庫開發新的服務客戶端。

互操作性

由于Cytoscape支持導入／導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數據，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI－MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序／腳本使用。

會話文件

你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數據文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（。cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性（節點／邊緣／網絡）、桌面狀態（選擇／隱藏節點和邊緣、窗口大?。?、屬性、一些插件狀態和可視化風格。

布局

在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

更快的渲染速度

提高了渲染性能，并優化了與大型網絡的交互。Cytoscape現在為多達10，000個節點和3，000，000條邊的網絡提供了交互式用戶體驗。

新的面板選項

你的Cytoscape工作空間現在可以通過新的工作空間面板系統來定制你的可用屏幕空間。面板現在可以最小化，設置為浮動，或?？吭诠ぷ骺臻g中。

自定義工具欄

您現在可以選擇項目何時出現在工具欄中，減少雜亂無章的情況，并讓您快速訪問最常用的工具。

更新的分析器應用程序

網絡分析器的核心應用程序已經重新設計。改進了用戶界面，并增加了對Cytoscape自動化的支持，以便于從腳本和分析工作流中訪問。

標簽重新定位工具

現在可以在網絡視圖中快速直觀地定位標簽。

CyBrowser JavaFX更新

CyBrowser，Cytoscape 的網頁瀏覽器，已經更新為使用 JavaFX 13。CyBrowser現在與現代網頁和應用程序有更大的兼容性。

Cytoscape特別版安裝步驟

1、雙擊安裝包，進入軟件的安裝向導，直接Next。

2、接受許可協議才能Next。

3、選擇安裝路徑，安裝需要的空間不多，默認路徑就好。

4、選擇是否讓軟件默認關聯*.cys文件類型，當然同意了。

5、Next后即開始安裝。

6、幾秒鐘就finish了，還是蠻快的。

Cytoscape特別版使用技巧

怎么通過Cytoscape獲得網絡數據？

第一種是通過檢索蛋白相互作用數據庫構建網絡。

Cytoscape歡迎界面：

如果啟動時，沒有顯示歡迎界面，可以使用菜單”help” 》 “show welcome screen”打開。在歡迎界面，選擇”From Network Database”，將彈出如下界面：

在搜索框中輸入基因或者蛋白的名稱，點擊”Search”, 在結果框中選擇有記錄的數據庫，”Automatic Network Merge”(自動合并網絡)可以選擇，也可以手動合并網絡，最后點擊”Import”。下圖是其中得到的一個網絡：

第二種得到網絡的方法是通過Agilent Literature Search插件進行文本挖掘，通俗地來講就是讓機器幫你讀文獻。

安裝Agilent Literature Search插件, 菜單”Apps” 》 “APP Manager”, 選擇”Agilent Literature Search”, 點擊”Install”進行安裝，如下圖所示：

安裝成功后，會在菜單”Apps”下，看到”Agilent Literature Search”，點擊使用它，如下圖所示：

“Terms”框這里依然輸入”KCTD10″，”Max Engine Matches(最多讀多少篇文獻)”這里設置為100，其他參數這里不做修改，你可以根據需要自行設置，點擊綠三角圖標進行文本挖掘。 下圖是通過Agilent Literature Search插件文本挖掘得到的網絡：